本书共十卷，卷一治诸风(附脚气)，卷二治伤寒(附中暑)，卷三治一切气(附脾胃、积聚)，卷四治痰饮(附咳嗽)，卷五治诸虚(附骨蒸)、痼冷(附消渴)，卷六治积热、泻痢(附秘涩)，卷七治眼目疾、咽喉口齿，卷八治杂病、疮肿伤折，卷九治妇人诸疾(附产图)，卷十治小儿诸疾(附诸汤、诸香)。内容涉及内科、外科、妇科、儿科、伤科、五官科等病症。每一门下分列医方，详其主治、配伍、药物炮制及制剂用法等。书后的《指南总论》共三卷，起到《太平惠民和剂局方》的导读作用。卷上论述处方法、合和法、服饵法、用药法、三品药畏恶相反、服药食忌、炮炙三品药石类例，卷中和卷下以证论方，对《太平惠民和剂局方》中的14门证候进行分类归纳和总结。