本书可分为“哲学原理”“哲学应用”“附录”三部分。其中“哲学原理”部分涵盖“前言”与“论信仰与理性的一致”；“哲学应用”部分即“就恶的起源论上帝的正义与人的自由”；“附录”部分收录了“被压缩成形式证明的争论摘要”“《神正论》第392节附笔”“对霍布斯先生以英文发表的关于‘自由、必然和偶然’论著的反思”等内容。