在经典遗传学史上，《基因论》是最重要的理论著作。摩尔根在书中建立的基因遗传的理论体系将孟德尔的性状遗传学说推进到细胞遗传学的新阶段。《基因论》全书共19章，从遗传学的基本原理开始讲起，解析遗传的机制，寻找突变的起源，列举多倍体，性染色体、性转化等案例研究，最终得到结论：染色体数目的改变和基因内部的改变产生了不同的性状。《基因论》用了156幅插图，表格数十个，循序渐进，条分缕析，论证详细，是严谨且明了的学术普及读物。