本书包括正文《重庆水运史(1949-2015)》和附件《重庆水运工程建设实录(1978-2015)》两大部分，其中正文分为八章，内容包括水运管理机构和机制体制、水运发展政策、行业管理和生产发展、水运基础设施建设、水运市场和企业、支持保障系统和安全管理、水运科技等；附件分为五篇十二章，内容包括重大水运工程发展、水运工程的法律法规与行业管理、水运工程科技创新与应用、重要港口和航道建设情况、对外合作与交流等。