本书共八章，以畜禽粪污降解、益生菌等相关微生物菌种研究与利用为主线，主要介绍了畜禽粪污微生物治理的范畴，粪污降解菌的功能、资源研究进展；畜禽粪污降解菌资源采集、鉴定、区域生态分布及多样性、管理；中国西部嗜碱芽胞杆菌、福建近海滩涂沉积物微生物、台湾省和福建武夷山自然保护区芽胞杆菌等资源情况；畜禽粪污降解菌的生长特性、混合培养生长竞争、混合培养温度响应特征，以及产酶菌株的筛选及其酶学特性；畜禽粪污微生物降解色谱分析方法，畜禽粪污降解菌猪粪发酵行为的色谱分析，难降解有机物降解菌的筛选与鉴定、作用机理、代谢途径等；异养硝化细菌的研究进展、分离鉴定、多态性、脱氮性能和产品包被技术；饲用益生菌的研究进展、筛选、免疫抗病特性、菌剂保存特性、应用效果评价、生理作用及其对肠道微生物的影响；畜禽粪污降解菌发酵装备的设计、畜禽粪污降解菌的诱变育种、畜禽粪污降解菌产功能物质发酵条件优化及其脂肽研究等。