本书包括六大部分：《文》十六卷为医学论文集，集中了陆懋修的医学观点，主要论述司天理论、伤寒学说、六经病方说、温病、瘟疫学说、各科疾病以及对各家学术观点的评价；《不谢方》一卷记载了陆氏自创的28个方剂，大多取法伤寒，而用药又比较平和；《伤寒论阳明病释》四卷记载了陆懋修对阳明病的见解；《内经运气病释》九卷(附《内经遗篇病释》一卷)是陆懋修依据《内经》有关运气的论述而作的注解和发挥；《内经运气表》一卷共13张表，陆懋修将运气学说的内容以表格的形式展现，言简意赅，互相对比，容易记忆；《内经难字音义》一卷是陆懋修为防古医书文字“诘屈难读，束阁不观”，故选取了《内经》诸篇中681个比较生僻的字句进行注解，并以字典的形式编排。