运用协调论作为对思想实验开展研究的指导理论和分析工具，是本书最大的创新点。在协调论的指导下，提出用协调力评估的三大指标--经验指标、概念指标、背景指标，构建一个对思想实验在理论进步中发挥作用的评估指标体系，进而为当代自然科学前沿研究提供理论指导。在具体内容上，结合当代科学前沿，通过思想实验与物质实验的比较研究，探寻思想实验的本质以及思想实验发挥作用的机制，推动科学对世界的探索不断走向深入，同时用思想实验探究大科学发展中的问题，为当代大科学的发展提供理论指导。