全书内容共有21章,分别为绪论、病毒、古生菌、细菌、真菌、藻类、原生动物、微生物的营养与生长、微生物的生理与代谢、微生物的生态与分布、物质循环与地球生物化学过程、微生物的遗传与变异、环境分子微生物学、环境与生态、水污染控制系统的混合培养微生物系统、水源地污染源的生物处理系统、固体废弃物的微生物工程、大气污染物的微生物处理技术、生态工程与生物修复工号、生物能源工程、生物脱氮除磷去硫技术及其微生原理以及实验习题、10套模拟题和部分历年考研真题。