本書以光緒二十四年 (1898) 長沙刻本為底本, 以中國第一歷史檔案館藏《朱批奏折》《軍機處錄副奏折》和臺北故宮博物院藏《軍機及宮中檔》以及臺北中研院檔案館藏《總理各國事務衙門抄檔》為校本, 并查照《上諭檔》和《清實錄》, 采用對校、理校、補證及考辨之法, 進行校勘整理。對于重要的、與折件相關的人物加以注釋, 必要時文獻全文照錄。涉及晚清新疆地區政治、經濟、軍事、外交、民族、民生、地方治安以及宗教等一系列重大問題。