全书共设11章。第1章概括回顾新孢子虫及新孢子虫病的发现及认识简史；第2章从病原学的角度对新孢子虫的形态结构、分离培养和宿主与虫体之间的关系进行阐述；第3章综述不同国家和地区新孢子虫病的流行概况；第4章阐述新孢子虫的致病性、致病机理、病理变化及临床表现；第5章介绍新孢子虫的免疫机制、疫苗候选抗原以及新孢子虫病免疫预防的研究；第6-8章分别介绍牛的新孢子虫病、犬的新孢子虫病及其他动物新孢子虫的感染；第9章介绍新孢子虫病的诊断方法；第10章对新孢子虫病的防控研究以及当前新孢子虫病的防控措施进行综述；第11章详细介绍我国对新孢子虫病认识和研究的历史与现状，并对未来深入的研究进行展望。