本手册主要以国务院批复的《区划》成果为基础编撰而成，分为两篇。第一篇为全国重要江河湖泊水功能区划综述，主要包括全国水资源概况、水功能区划体系、全国及各水资源一级区重要江河湖泊水功能区划概况和水功能区保护与监督管理等。第二篇为全国重要江河湖泊水功能区划成果，主要包括松花江区、辽河区、海河区、黄河区、淮河区、长江区(不含太湖流域)、东南诸河区、珠江区、西南诸河区、西北诸河区、太湖流域的重要江河湖泊水功能区划登记表等。