苏州博物馆所藏《潘祖荫日记》共12册，其中同治二年1册、光绪七年1册、光绪八年1册、光绪九年1册、光绪十年1册、光绪十一年3册、光绪十二年1册、光绪十三年1册、光绪十五年1册、光绪十六年1册。《潘祖荫日记》的主要内容大致包括：上朝议政、职务变迁、政务工作、交游书信、金石图书、花销账目及身体状况等。其中，上朝议政、政务工作、交游书信占了绝大部分，每天接待访问亲友和收发信件的名单是必不可少的，花销只有在金石图书购买时才简略记录。日记虽然简略，仍包含了宫廷礼仪、典章制度、生活起居等，有较丰富的历史信息，值得结合相关史料深入研究。