本教材分为3篇11章。第一篇为微生物学基础，包括绪论、原核微生物、真核微生物、非细胞型微生物；第二篇为微生物学技术，包括微生物的染色和镜检技术，微生的营养和分离培养技术，微生物的生长和消毒灭菌技术，微生物的遗传变异和菌种选育、保藏技术；第三篇为微生物学应用，包括微生物代谢及其在制药工程中的应用，微生物生态及其在资源开发和环境保护中的应用，微生物在药品检测中的应用。