本书讲述了在学生会会长竞选中落败后，“没个性”的沃野禁止郎便消失了，美少年侦探团试图追查他的真实身份，却一无所获。沃野的消失并没有带来风平浪静的校园生活，反而掀起了新一轮的风浪：一方面，瞳岛眉美成功当选学生会会长后，深切地意识到了学园的教育弊病，改革似乎迫在眉睫。另一方面，副会长长绳和菜将美少年侦探团视为邪恶组织，甚至制定了计划，试图消灭美少年侦探团。