本书分为理论、临床应用和技术三篇共四十三章。其中，理论篇共七章，阐述肠道微生态不同年龄阶段的变化特征、结构与功能，以及肠道微生物与营养、免疫和代谢等方面的关系；临床应用篇共三十章，介绍临床各种疾病的肠道微生态结构特征、相关作用机制及临床应用、干预和治疗等；突出介绍肠道微生态与个性化疾病的逻辑关系、因果关系和辩证关系；技术篇共六章，主要参考肠道微生态最新检测进展、生物信息系统分析技术及相关仪器设备的应用等，借用先进的技术和设备完成生物信息分析和获得关联性的确证性数据。