本书讲述了：久远小学五年级的女生桑町淳和同年级的市部始、丸山一平、比土优子、上林泰二共同成立了一个“久远小侦探团”，由市部始担任团长，不过侦探团平时遇到的案件基本只是宠物丢失、便利店失窃等。学期伊始，一个神秘的转学生铃木太郎转到桑町淳的班上，他宣称自己无所不知，是可以洞察一切的“神明”。而此时围绕着久远小侦探团的恶性案件频发，受害者或凶手似乎总是与久远小侦探团的成员有千丝万缕的联系。桑町淳为了寻找凶手，屡次向铃木太郎询问线索，然而这一举动就像是打开了潘多拉的魔盒，至此侦探团开始陷入各种案件和新的谜团。