少女助手花崎真由美刚刚加入少年侦探团，就发生了恐怖的案件――银座的夜空中出现了一张巨人的脸庞。与此同时，诡异的敲锣声响彻夜空。究竟是怎么一回事？接下来，巨人之脸在光天化日下又出现了，甚至连池塘里都浮现出它恐怖的面容。东京人心惶惶，少年侦探团接到委托，前来破案。小林芳雄遭到绑架，他发现了巨人在水底的老巢……敲锣的人到底是谁？这个世界上真的有巨人吗？明智侦探和少年侦探团的孩子们能否破解一系列迷案，守护城市的和平？