春日的一个周日，六年级男生天野勇一在神社附近的空地上打棒球，他遇到了能让棒球凭空消失的魔法博士。自此以后，奇怪的事情接连不断地发生：勇一家的兔子的头忽然消失了！只剩下一副躯体留在空中；勇一目睹了红桃皇后从扑克牌中走出；最后，勇一自己也消失在魔法博士的舞台上！少年侦探团接到委托，前来破案，小林芳雄竟也被绑架。魔法博士还想将黑手伸向明智侦探，他的真面目到底是谁？孩子们能否破解一系列失踪案，解救被困的伙伴？