全书系作者据白云阁藏本《难经》整理、修正编写而成。本书因在作者所撰《周易会通》之后而成书,故名《难经会通》。作者黄竹斋在整理各家难经基础之上进行编纂,对《难经》中八十一难经义逐一进行解释,以求明晰,并改前人分篇之法,将《难经》分为六篇:首论脉,次论经络,再次论脏腑,继论病,后论穴道,最后论针法。书末附黄氏《秦越人事迹考》《难经注家考》两篇。前者是其对《史记》扁鹊传记的整理;后者则集历代《难经》注家 (包括日本学者) 所撰书目,共计五十家,起到了正本清源的作用。