本书共分为六个部分。第一部分与第二部分，介绍了“经方三十六讲”的两大基石，其中包括穿凿会通理论体系的来源及特点，以及六经三十六方的总体概况。第三部分，是整本书的核心，通过“经方三十六讲”，可以详细了解中医诊病的思路方法，全面掌握具有创新性的中医诊疗体系。第四部分与第五部分，为“经方三十六讲”的实践，分别为诊病实践和医学杂论分析实践。最后一个部分，为“经方三十六讲”中涉及的中药方剂附录。