六年级学生不二夫君发现院子树林里有一个黄金怪人,可以在转瞬之间变成少年或只有二十厘米高的侏儒,而且逢人自称魔法博士。不久,不二君父亲珍藏的《库丁贝尔克圣经》遭窃不翼而飞了。又不久,少年侦探团长小林芳雄上当受骗落入魔掌。自称魔法博士的黄金怪人大布迷魂阵,还企图请君入瓮诱骗大侦探明智小五郎。大侦探明智小五郎将计就计,救出了少年侦探小林芳雄,他与少年侦探团联手,协助警方捣毁了魔窟,撕下了魔法博士的假面具,而且,价值连城的《库丁贝尔克圣经》也完璧归赵。